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生物信息学及功能基因发掘

研究组介绍

 

随着测序技术的发展以及组学数据的指数型增长,基于数据驱动的植物分子设计育种已经成为植物科学研究中一个重要的手段。本课题组以多组学测序技术/生物信息学作为基础研究手段,以药用植物、园艺植物等作为研究对象,探讨植物生长发育、环境应答等过程中的遗传信息传递、表达以及调控的分子机制。

研究方向:

1. 基于多组学测序技术的药用植物、园艺植物关键经济性状形成的调控分子机制解析;

2. 药用植物、园艺植物基因编辑技术的应用。


研究组长

姓  名: 黄铭坤 研 究 组: 生物信息学及功能基因发掘
职  务: 研究组长 职  称: 副研究员
通讯地址: 江西省南昌市溪霞镇溪霞农业园科研中心
邮政编码: 330114 电子邮箱: huangmk@lsbg.cn
姓  名: 黄铭坤
研 究 组: 生物信息学及功能基因发掘
职  务: 研究组长
职  称: 副研究员
通讯地址: 江西省南昌市溪霞镇溪霞农业园科研中心
邮政编码: 330114
电子邮箱: huangmk@lsbg.cn

学习经历:

2012年9月-2016年1月  中国科学院华南植物园 博士

2009年9月-2012年6月 华南农业大学 硕士

2005年9月-2009年6月 华南农业大学 学士 

 

工作经历:

2022年1月-至今 江西省、中国科学院庐山植物园

2018年3月-2021年12月 香港中文大学

2016年3月-2018年2月 北京中药研究所/北京诺禾致源生物科技公司

 

获奖及荣誉:

国家博士奖学金

中国科学院优秀博士论文

 

研究领域:

1. 植物功能基因组学、生物信息学 (Dry lab);

2. 植物分子生物学、植物基因编辑 (Wet lab);

 

承担科研项目情况:

1. 国家自然基金地区面上项目 (主持)

2. 江西省紧缺型人才计划项目 (主持)

3. 庐山植物园专项基金 (主持)

4. 香港中文大学优秀博士后基金项目 (Impact Postdoctoral Fellowship Scheme of The Chinese University of Hong Kong) (主持)

5. 香港AoE 项目 (Hong Kong Research Grants Council Area of Excellence Scheme, AoE/M-403/16) (参与)

6.  香港罗桂祥基金项目 (Lo Kwee-Seong Biomedical Research Fund) (参与)

7.  中国博士后创新计划 (BX201600155) 基金项目 (主持)

 

论文及论著:

1. Zhang L, Yung WS, Huang M# (2022) STARR-seq for high-throughput identification of plant enhancers. Trends Plant Sci 27(12):1296-1297

2. Zhang L, Yung WS, Sun W, Li MW, Huang M# (2022) Genome-wide characterization of Nuclear Factor Y transcription factors in Fagopyrum tataricum. Physiol Plant: e13668

3. Zhang L, Yung WS, Wang Z, Li MW, Huang M# (2022) Optimization of an Efficient Protoplast Transformation System for Transient Expression Analysis Using Leaves of Torenia fournieri. Plants (Basel) 11(16)

4. Huang M, Zhang L, Zhou L, Yung WS, Wang Z, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM# (2022) Identification of the accessible chromatin regions in six tissues in the soybean. Genomics 114(3): 110364

5. Huang M, Li MW, Lam HM# (2021) How noncoding open chromatin regions shape soybean domestication. Trends Plant Sci 26(9):876-878.

6. Huang M, Zhang L, Zhou L, Wang M, Yung W-S, Wang Z, Duan S, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li M-W, Lam H-M# (2021) An expedient survey and characterization of the soybean JAGGED 1 (GmJAG1) transcription factor binding preference in the soybean genome by modified ChIPmentation on soybean protoplasts. Genomics 113(1): 344-355

7. Huang M, Zhang L, Zhou LM, Yung WS, Li MW, Lam HM# (2021) Genomic Features of Open Chromatin Regions (OCRs) in Wild Soybean and Their Effects on Gene Expressions. Genes 12(5)

8. Zhang L, Zhou L, Yung WS, Su W, Huang M# (2021) Ectopic expression of Torenia fournieri TCP8 and TCP13 alters the leaf and petal phenotypes in Arabidopsis thaliana. Physiol Plant

9. Huang M, Hu Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2015) Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 controls cell fate determination during post-embryonic development. Front Plant Sci 6: 955

10. Huang M, Hu Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2015) Arabidopsis LEAFY COTYLEDON1 Mediates Postembryonic Development via Interacting with PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR4. Plant Cell 27(11): 3099-3111

11. Huang M, Ma C, Yu R, Mu L, Hou J, Yu Y, Fan Y# (2015) Concurrent changes in methyl jasmonate emission and the expression of its biosynthesis-related genes in Cymbidium ensifolium flowers. Physiol Plant 153(4): 503-512

12. Wang G, Li X, Shen W, Li M-W, Huang M, Zhang J, Li H# (2022) The chromatin accessibility landscape of pistils and anthers in rice. Plant Physiol

13. Wang Z, Huang C, Niu Y, Yung W-S, Xiao Z, Wong F-L, Huang M, Wang X, Man C-K, Sze C-C, Liu A, Wang Q, Chen Y, Liu S, Wu C, Liu L, Hou W, Han T, Li M-W, Lam H-M# (2022) QTL analyses of soybean root system architecture revealed genetic relationships with shoot-related traits. Theoretical and Applied Genetics 135(12): 4507-4522

14. Xiao Z, Wang Q, Li M-W, Huang M, Wang Z, Xie M, Varshney RK, Nguyen HT, Chan T-F, Lam H-M# (2022) Wildsoydb DataHub: a platform for accessing soybean multiomic datasets across multiple reference genomes. Plant Physiol

15. Yung WS, Wang Q, Huang M, Wong FL, Liu A, Ng MS, Li KP, Sze CC, Li MW, Lam HM# (2021) Priming-induced alterations in histone modifications modulate transcriptional responses in soybean under salt stress. Plant J

16. Wang G, Li X, Ye N, Huang M, Feng L, Li H, Zhang J# (2021) OsTPP1 regulates seed germination through the crosstalk with abscisic acid in rice. New Phytol

17. Sun W, Leng L, Yin Q, Xu M, Huang M, Xu Z, Zhang Y, Yao H, Wang C, Xiong C, Chen S, Jiang C, Xie N, Zheng X, Wang Y, Song C, Peters RJ, Chen S# (2019) The genome of the medicinal plant Andrographis paniculata provides insight into the biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide. Plant J 97(5): 841-857

18. Hu Y, Zhou L, Huang M, He X, Yang Y, Liu X, Li Y, Hou X# (2018) Gibberellins play an essential role in late embryogenesis of Arabidopsis. Nature Plants 4(5): 289-298

19. Liu X, Hu P, Huang M, Tang Y, Li Y, Li L, Hou X# (2016) The NF-YC–RGL2 module integrates GA and ABA signalling to regulate seed germination in Arabidopsis. Nature Communications 7(1): 12768


研究组员

姓  名: 张玲 研 究 组: 生物信息学及功能基因发掘
职  务: 研究组员 职  称: 副研究员
通讯地址: 江西省南昌市溪霞镇溪霞农业园科研中心
邮政编码: 330114 电子邮箱: zhangl@lsbg.cn
姓  名: 张玲
研 究 组: 生物信息学及功能基因发掘
职  务: 研究组员
职  称: 副研究员
通讯地址: 江西省南昌市溪霞镇溪霞农业园科研中心
邮政编码: 330114
电子邮箱: zhangl@lsbg.cn

学习经历:

2013年9月-2016年6月  华南农业大学 博士 园艺学院果树学专业

2009年9月-2012年6月  华南农业大学 硕士 园艺学院果树学专业

2005年9月-2009年6月  武汉科技学院 本科 生物工程专业

 

工作经历:

2021年7月-至今  江西省、中国科学院庐山植物园 副研究员 植物功能基因组学研究组

2016年8月-2021年6月  深圳大学 博士后 生命与海洋科学学院植物表观遗传课题组

2012年7月-2013年7月  华南植物园 研究助理 植物代谢课题组

 

任职经历:

2021年8月-至今  江西省、中国科学院庐山植物园 组员 植物功能基因组学研究组

 

获奖及荣誉:

2014年5月 获2013-2014学年度优秀博士研究生二等奖

2016年5月 获2015-2016学年度优秀博士研究生一等奖

 

研究领域:

植物转录因子功能研究;植物基因编辑;

 

承担科研项目情况:

1. 中国科学院庐山植物园,庐山植物园专项,2021ZWZX31,园艺植物转录因子预测及功能分析,2021/12-2023/12,在研,主持;

2. 国家自然科学基金委员会,面上项目,31772322,microRNA399调控番茄缺磷胁迫响应的机理研究,2018/1-2021/12,在研,参与。

 

论文及论著:

1. Zhang L, Yung WS, Huang M*. STARR-seq for high-throughput identification of plant enhancers. Trends Plant Sci. 2022, 27(12):1296-1297.

2. Zhang L, Yung WS, Wang Z, Li MW, Huang M*. Optimization of an Efficient Protoplast Transformation System for Transient Expression Analysis Using Leaves of Torenia fournieri. Plants (Basel). 2022, 11(16):2106.

3. Zhang L, Yung W, Sun W, Li MW, Huang M*. Genome-wide characterization of nuclear factor Y transcription factors in Fagopyrum tataricum. Physiol Plant. 2022, 174(2):e13668.

4. Huang M, Zhang L, Zhou L, Yung WS, Wang Z, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM*. Identification of the accessible chromatin regions in six tissues in the soybean. Genomics. 2022, 114(3):110364.

5. Zhang L, Zhou L, Yung WS, Su W*, Huang M*. Ectopic expression of Torenia fournieri TCP8 and TCP13 alters the leaf and petal phenotypes in Arabidopsis thaliana. Physiol Plant. 2021, 173(3):856-866.

6. Yu H#, Zhang L#, Wang W, Tian P, Wang W, Wang K, Gao Z, Liu S, Zhang Y, Irish VF, Huang T*. TCP5 controls leaf margin development by regulating the KNOX and BEL-like transcription factors in Arabidopsis. Journal of experimental botany. 2021, 72(5):1809-1821.

7. Huang M, Zhang L, Zhou L, Wang M, Yung WS, Wang Z, Duan S, Xiao Z, Wang Q, Wang X, Li MW, Lam HM*. An expedient survey and characterization of the soybean JAGGED 1 (GmJAG1) transcription factor binding preference in the soybean genome by modified ChIPmentation on soybean protoplasts. Genomics. 2021, 113: 344-355.

8. Huang M, Zhang L, Zhou LM, Yung WS, Li MW, Lam HM*. Genomic Features of Open Chromatin Regions (OCRs) in Wild Soybean and Their Effects on Gene Expressions. Genes. 2021, 12(5):640.

9. Peng Z, Wang M, Zhang L, Jiang Y, Zhao C, Shahid MQ, Bai Y, Hao J, Peng J, Gao Y, Su W*, Yang X*. EjRAV1/2 Delay Flowering Through Transcriptional Repression of EjFTs and EjSOC1s in Loquat. Frontiers in plant science, 2021, 12:816086.

10. Su W, Jing Y, Lin S, Yue Z, Yang X, Xu J, Wu J, Zhang Z, Xia R, Zhu J, An N, Chen H, Hong Y, Yuan Y, Long T, Zhang L, Jiang Y, Liu Z, Zhang H, Gao Y, Liu Y, Lin H, Wang H, Yant L, Lin S*, Liu Z*. Polyploidy underlies co-option and diversification of biosynthetic triterpene pathways in the apple tribe. Proc Natl Acad Sci. 2021, 118(20):e2101767118.

11. Jiang Y, Zhu Y, Zhang L, Su W, Peng J, Yang X, Song H, Gao Y*, Lin S*.  EjTFL1 genes promote growth but inhibit flower bud differentiation in loquat. Frontiers in plant science, 2020, 11.

12. Zhang L, Jiang Y, Zhu Y, Su W, Long T, Huang T, Peng J, Yu H, Lin S*, Gao Y*. Functional Characterization of GI and CO Homologs from Eriobotrya deflexa Nakai forma koshunensis. Plant cell reports, 2019, 38(5): 533-543.

13. Su W, Yuan Y, Zhang L, Jiang Y, Gan X, Bai Y, Peng J, Wu J, Liu Y*, Lin S*. Selection of the optimal reference genes for expression analyses in different materials of Eriobotrya japonica. Plant Methods, 2019, 15: 7.

14. Jiang Y, Peng J, Zhu Y, Su W, Zhang L, Jing Y, Lin S, Gao Y*. The Role of EjSOC1s in Flower Initiation in Eriobotrya japonica. Frontiers in plant science, 2019, 10:253.

15. Su W, Zhu Y, Zhang L, Yang X, Gao Y, Lin S*. The cellular physiology of loquat (Eriobotrya japonica Lindl.) fruit with a focus on how cell division and cell expansion processes contribute to pome morphogenesis. Scientia Horticulturae, 2017, 224: 142-149.

16. Zhang L, Yu H, Lin S*, Gao Y*. Molecular Characterization of FT and FD Homologs from Eriobotrya deflexa Nakai forma koshunensis. Frontiers in plant science, 2016, 7.

17. Zhou Y, Zhang L, Gui J, Dong F, Cheng S, Mei X, Zhang L, Li Y, Su X, Baldermann S, Watanabe N, Yang Z*. Molecular cloning and characterization of a short chain dehydrogenase showing activity with volatile compounds isolated from Camellia sinensis. Plant Molecular Biology Reporter, 2015, 33(2): 253-263.


研究组员

姓  名: 胡玉芳 研 究 组: 生物信息学及功能基因发掘
职  务: 研究组员 职  称: 研究实习员
通讯地址: 江西省南昌市新建区溪霞现代农业园庐山植物园南昌科研中心
邮政编码: 330114 电子邮箱: yufanghu163@163.com
姓  名: 胡玉芳
研 究 组: 生物信息学及功能基因发掘
职  务: 研究组员
职  称: 研究实习员
通讯地址: 江西省南昌市新建区溪霞现代农业园庐山植物园南昌科研中心
邮政编码: 330114
电子邮箱: yufanghu163@163.com

学习经历:

2019年9月-2022年6月  福建农林大学 硕士 生物学专业;

2015年9月-2019年6月  兰州理工大学 本科 生物工程专业。

 

工作经历:

2021年11月-至今 江西省中国科学院庐山植物园 研究组员

 

研究领域:

药用植物、园艺植物基因编辑

 

论文及论著:

1. Wang Q, Yu G, Chen Z, Han J, Hu Y, Wang K*. Optimization of protoplast isolation, transformation and its application in sugarcane (Saccharum spontaneum L.). The Crop Journal, 2021, 9(1): 133-142.