江西鄱阳湖流域湿地众多，水生植物种质资源丰富。但是受栖息地破坏、过度开发、全球气候变化等影响，鄱阳湖流域野生水生植物种质资源锐减，分布面积逐渐萎缩。为实现对江西鄱阳湖流域及全国湿地植物资源的系统收集、完整保存、高水平研究和可持续利用，庐山植物园建设了一个依托庐山植物园、立足江西、面向长江中下游和辐射全国的水生植物种质资源圃。

到目前为止，水生植物资源圃已引种收集以鄱阳湖流域水生植物为代表的全国各地野生水生植物种质资源65科126属229种约800余份；引种菰种质资源40余个居群686份；引种碗莲和睡莲等资源80余个品种100余份。

庐山植物园以鄱阳湖分园水生植物种质资源圃为依托，面向以鄱阳湖流域为代表的全国湿地和湖泊，广泛收集水生植物种质资源，保护水生植物生物多样性，充分挖掘水生植物在观赏、药用、食用和水体生态修复中的价值并加以广泛应用。期望经过5-10年的建设，将庐山植物园鄱阳湖分园打造成全国最大和最具特色的水生植物活体种质资源收集、迁地保育和科学研究中心。